Zahlreiche geschichtliche Ereignisse prägten das Ritterhaus Bubikon von seiner Entstehung als Kommende des Johanniterordens bis zum heutigen Museumsbetrieb. Seit 1959 steht der Gebäudekomplex unter eidgenössischem Denkmalschutz.
Das Ritterhaus in der heutigen Form ist das Resultat einer langjährigen Bau- und Umbauzeit. Ursprünglich als Niederlassung des Johanniterordens genutzt – als sogenannte Kommende oder Komturei –, veränderte sich das Gebäude unter dem Einfluss der Zeit.
Die Ursprünge des Johanniter- und Malteserordens reichen ins 11. Jahrhundert zurück. Als die ersten Kreuzfahrer im Jahr 1099 Jerusalem erreichten, wirkten dort die Hospitaliter, eine Bruderschaft, die dem Heiligen Johannes dem Täufer geweiht war. Sie nahmen kranke und bedürftige Pilger auf, versorgten aber auch die einheimische christlich, jüdische und muslimische Bevölkerung. 1113 wurden die Hospitaliter von Papst Paschalis II. als Orden anerkannt und übernahmen zunehmend auch militärische Aufgaben. Während der Reformation teilte sich der Orden in den römisch-katholischen Malteserorden und den protestantische, resp. reformierten Johanniterorden.
Mit dem Verlust der Insel Malta 1798 endete die militärische Rolle der Orden. Seither verfolgen die beiden Organisationen ausschliesslich humanitäre Aufgaben: Sie unterhalten Spitäler, führen Ambulanztransporte durch und unterstützen kranke und notleidende Personen in der ganzen Welt. In der Schweiz sind die Orden durch die Schweizerische Kommende des Johanniterordens mit Sitz in Bern und durch die Helvetische Assoziation des Souveränen Malteser Ritterordens mit Sitz in Luzern vertreten. Beide Orden sind mit je einem Vertreter in den Vorstand der Ritterhausgesellschaft Bubikon eingebunden.
Den ältesten Kern der Anlage bilden das ehemalige Bruderhaus und die Kapelle. Sie wurden Ende des 12. Jahrhunderts errichtet, möglicherweise auf dem Fundament einer bereits bestehenden älteren Herrschaftsanlage der Toggenburger. Im 14. Jahrhundert erweiterte man die romanische Kapelle durch einen gotischen Chor, der 1819 abgerissen wurde. Die romanischen Wandmalereien im Inneren der Kapelle stammen vorwiegend aus der Zeit um 1210 und zählen zu den besterhaltenen Beispielen dieser Epoche in der Deutschschweiz. Sie zeigen unter anderem die Stiftung der Kommende durch die Freiherren von Toggenburg und Rapperswil sowie Episoden aus dem Leben von Johannes dem Täufer.
Das Haupthaus und der Flügel mit dem Rittersaal entstanden grösstenteils zwischen dem 13. und 15. Jahrhundert. Ursprünglich dienten sie dem Ordensleiter sowie seinem Verwalter und später den Zürcher Statthaltern als Wohn-, Arbeits- und Repräsentationsräume. In der offenen Eingangshalle unter den Amtsräumen des Verwalters wurden die Gäste empfangen, die zu Pferd ankamen. Zuletzt erneuerte man das Haupthaus um 1570 im Stil der Renaissance.
Das Sennhaus wurde um 1480 errichtet und 1570 für die Milchwirtschaft umgebaut. Im 19. und 20. Jahrhundert lebte hier wohl das Gesinde, weshalb der Gebäudeteil auch als Gesindehaus bezeichnet wird.
Die Kommende Bubikon entstand um 1195-1198 durch eine Schenkung der Grafen von Toggenburg. Sie gehörte zum Grosspriorat Deutschland und besass eine zentrale Stellung unter den deutschschweizerischen Kommenden des Johanniterordens, da von hier aus die Kommenden Tobel, Leuggern-Klingnau, Wädenswil und Küsnacht gegründet wurden. Die umfangreichen Besitzungen Bubikons umfassten zahlreiche Erblehenhöfe im Zürcher Oberland, die niedere Gerichtsbarkeit in Bubikon, Hinwil, Ringwil, Grüt, Wangen und Brüttisellen, die Kirchensätze in Bubikon, Hinwil, Wald, Buchs und Wangen sowie Häuser in Zürich und Rapperswil.
Die Reformation in der Stadt Zürich brachte den katholischen Orden in eine schwierige Lage. 1528 wurde der Ordenskonvent aufgehoben.1532 konnte der Orden die Kommende zwar wieder in Besitz nehmen, musste aber einen Zürcher Bürger als Verwalter sowie reformierte Pfarrer in seinen Kirchen einsetzen. Kommende und Herrschaft Bubikon blieben bis zu ihrem Verkauf 1789 im Besitz des Ordens. Danach wurden Teile der Anlage abgerissen oder als Privathäuser genutzt.
1936 übernahm die Ritterhausgesellschaft die Gebäude und renovierte das sogenannte «Ritterhaus Bubikon». Heute gibt es als Museum Einblick in eine der am besten erhaltenen Kommenden des Johanniter- bzw. Malteserordens in Europa. Noch immer besteht das Wappen der Gemeinde Bubikon aus dem Wappen der Kommende, kombiniert mit zwei verschiedenen Darstellungen des Johanniterkreuzes.
